Pada pukul 12:18 malam, bom pengganas meletup di garaj tempat letak kereta World Trade Center di New York City, meninggalkan kawah selebar 60 kaki dan menyebabkan keruntuhan beberapa lantai konkrit bertetulang besi di sekitar letupan itu. Walaupun bom pengganas gagal merosakkan struktur utama pencakar langit, enam orang terbunuh dan lebih daripada 1,000 cedera. Pusat Dagangan Dunia sendiri mengalami kerugian lebih dari $ 500 juta. Selepas serangan itu, pihak berkuasa memindahkan 50,000 orang dari bangunan itu, beratus-ratus orang yang menderita penyedutan asap. Pemindahan itu berlangsung sepanjang hari.
Pihak berkuasa bandar dan Biro Penyiasatan Persekutuan (FBI) melakukan pemburuan besar untuk suspek, dan dalam beberapa hari beberapa fundamentalis Islam radikal telah ditangkap. Pada bulan Mac 1994, Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad, dan Mahmoud Abouhalima disabitkan oleh juri persekutuan untuk peranan mereka dalam pengeboman itu, dan masing-masing dihukum mati di penjara. Salameh, seorang Palestin, ditangkap ketika dia pergi untuk mendapatkan deposit $ 400 yang telah ditinggalkannya untuk van sewa Ryder yang digunakan dalam serangan itu. Ajaj dan Ayyad, yang kedua-duanya memainkan peranan dalam pembinaan bom itu, ditangkap selepas itu. Abouhalima, yang membantu membeli dan mencampur bahan peledak, melarikan diri ke Arab Saudi tetapi ditangkap di Mesir dua minggu kemudian.
Dalang serangan'Ramzi Ahmed Yousef 'diberkati sehingga Februari 1995, ketika ia ditangkap di Pakistan. Dia sebelum ini berada di Filipina, dan dalam komputer dia meninggalkan di sana mendapati rancangan pengganas yang termasuk plot untuk membunuh Paus John Paul II dan rancangan untuk membom 15 pesawat Amerika dalam 48 jam. Dalam penerbangan kembali ke Amerika Syarikat, Yousef dilaporkan mengaku sebagai agen Perkhidmatan Rahsia bahawa dia telah mengarahkan serangan Pusat Perdagangan dari awal dan bahkan mendakwa telah menetapkan sekering yang meletupkan bom 1,200 pound. Satu-satunya penyesalannya, kata agen yang memetik Yousef berkata, menara 110 tingkat itu tidak runtuh ke kembarnya sebagai bencana dirancang yang akan menyebabkan ribuan kematian.
Eyad Ismoil, yang memandu van Ryder ke garaj parkir di bawah Pusat Dagangan Dunia, ditangkap di Jordan pada tahun itu dan dibawa balik ke New York. Kesemua lelaki yang terlibat mempunyai hubungan dengan Sheik Omar Abdel Rahman, pemimpin agama radikal Mesir yang beroperasi dari Jersey City, New Jersey, yang terletak tepat di seberang Sungai Hudson dari Manhattan. Pada tahun 1995, Rahman dan 10 orang pengikutnya disabitkan bersekongkol untuk melancarkan ibu pejabat Pertubuhan Bangsa-bangsa Bersatu dan mercu tanda New York yang lain. Pendakwa berpandangan bahawa serangan World Trade Center adalah sebahagian daripada konspirasi itu, walaupun bukti yang jelas mengenai pertuduhan ini telah dibentangkan.
Pada bulan November 1997, Yousef dan Ismoil disabitkan di mahkamah hanya beberapa blok jauhnya dari menara berkembar dan kemudiannya dihukum mati dalam penjara tanpa kemungkinan pembebasan. Hanya seorang lagi yang dipercayai terlibat secara langsung dalam serangan itu, Iraqi Abdul Rahman Yasin, masih besar.
Selepas pengeboman kedutaan Amerika Syarikat di Kenya dan Tanzania pada tahun 1998, penyiasat A.S. mula mengesyaki bahawa Yousef mempunyai hubungan dengan pembuangan Arab Saudi, Osama bin Laden, ketua anti-U.S. rangkaian pengganas al Qaeda. Sama ada bin Laden sebenarnya terlibat dalam serangan Menara Berkembar 1993 belum ditentukan, tetapi pada 11 September 2019, dua kumpulan pengganas al Qaeda menyelesaikan pekerjaan yang dimulakan oleh Yousef, menewaskan dua pesawat yang dirampas ke utara dan selatan menara Pusat Dagangan Dunia.
Keluli struktur bangunan pencakar langit tidak dapat menahan haba yang besar yang dihasilkan oleh bahan bakar jet yang terbakar, dan kedua-duanya runtuh dalam masa dua jam. Hampir 3,000 orang meninggal dunia di Pusat Dagangan Dunia dan sekitarnya, termasuk 343 anggota bomba dan 23 anggota polis yang berjuang untuk menyelesaikan pemindahan dan menyelamatkan pekerja pejabat yang terperangkap di tingkat yang lebih tinggi. Hanya enam orang di menara Pusat Dagangan Dunia pada masa runtuh mereka selamat. Hampir 10,000 orang lain dirawat kerana kecederaan, banyak yang teruk.
